Colciencias tiene 55 acuerdos vigentes firmados con diferentes países y organizaciones europeas entre los cuales se destacan:

La Organización Europea para la Investigación Nuclear –CERN:

En el CERN, físicos e ingenieros están investigando la estructura fundamental del universo. Utilizan los instrumentos científicos más grandes y complejos del mundo para estudiar los componentes básicos de la materia: las partículas fundamentales. El acuerdo con Colciencias permite la participación de investigadores colombianos en los proyectos del CERN.

La Secretaría de Estado de Educación e Investigación del Departamento Federal de Asuntos Interiores de la Confederación Suiza –SER:

Carta de Intención para apoyar la colaboración científica a través de los canales disponibles entre universidades, estudiantes y científicos.

Consejo Nacional de Investigación de Italia –CNR:

Cooperación conjunta con el fin de apoyar la movilidad en el marco de proyectos de investigación y desarrollo en las áreas de biodiversidad y biotecnología, entre otras áreas.