Según lo establecido en la ley 1286 de 2009 y el decreto 849 de 2016, el Departamento Administrativo de Ciencia, Tecnología e Innovación, COLCIENCIAS, debe cumplir con las siguientes funciones, además de las que determina el artículo 59 de la Ley 489 de 1998:
 
  1. Formular e impulsar las políticas de corto, mediano y largo plazo del Estado en CTel, para la formación de capacidades humanas y de infraestructura, la inserción y cooperación internacional y la apropiación social de la CTeI para consolidar una sociedad cuya competitividad esté basada en el conocimiento, el desarrollo tecnológico y la innovación.
  2. Adoptar, de acuerdo con la Ley del Plan Nacional de Desarrollo, políticas nacionales para el desarrollo científico, tecnológico y para la innovación, como ejes fundamentales del desarrollo social y productivo del país.
  3. Diseñar y presentar ante las instancias del Gobierno Nacional los planes y programas del Departamento  y el Plan Nacional de CTel.
  4. Fundamentar y favorecer la proyección e inserción estratégica de Colombia en las dinámicas del sistema internacional que incorporan el conocimiento y la innovación como base de su desarrollo social y económico, en el marco de una sociedad global del conocimiento.
  5. Generar estrategias de apropiación social de la CTel para la consolidación de una sociedad y economía basadas en el conocimiento.
  6. Promover el desarrollo científico, tecnológico y la innovación en el país, de acuerdo con los planes de desarrollo y las orientaciones trazadas por el Gobierno Nacional.
  7. Propiciar las condiciones necesarias para que los desarrollos científicos, tecnológicos e innovadores, se articulen con los sectores social y productivo, y favorezcan la productividad, la competitividad, el emprendimiento, el empleo y el mejoramiento de las condiciones de vida de los ciudadanos.
  8. Velar por la consolidación, fortalecimiento y articulación del Sistema Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación -SNCTI con las entidades y los actores del mismo, en estrecha coordinación con el Sistema Nacional de Competitividad.
  9. Promover la formación del recurso humano para desarrollar las labores de CTeI, en especial en maestrías y doctorados, en aquellos sectores estratégicos para la transformación y el desarrollo social, medio ambiental y económico del país, en cumplimiento del ordenamiento constitucional vigente.
  10. Fomentar la creación y el fortalecimiento de instancias e instrumentos financieros y administrativos de gestión para la CTel.
  11. Diseñar e implementar estrategias y herramientas para el seguimiento, evaluación y retroalimentación sobre el impacto social y económico del Plan Nacional de Desarrollo, del Plan Nacional de CTel y el componente de CTel del PND.
  12. Promover la inversión a corto, mediano y largo plazo, para la investigación, el desarrollo tecnológico y la innovación.
  13. Promover, articular y proyectar los esquemas organizacionales de gestión de la CTeI, en las regiones, los departamentos y los municipios del país para potenciar su propio desarrollo y armonizar la generación de políticas.
  14. Promover, articular e incorporar la cooperación interinstitucional, interregional e internacional con los actores, políticas, planes, programas, proyectos y actividades estratégicas para la consecución de los objetivos del Plan Nacional de CTeI.
  15. Articular la Política Nacional de CTel con las políticas nacionales, regionales y sectoriales del Estado, en financiamiento, educación, cultura, desarrollo económico, competitividad, emprendimiento, medio ambiente, seguridad social, salud, agricultura, minas y energía, infraestructura, defensa nacional, ordenamiento territorial, información, comunicaciones, política exterior y cooperación internacional y las demás que sean pertinentes.
  16. Definir y orientar líneas temáticas prioritarias y operativas del Sistema Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación -SNCTI, para lo cual podrá modificar, suprimir o fusionar los Programas Nacionales de CTel; crear nuevas estructuras sobre las diferentes áreas del conocimiento; definir su nombre, composición y funciones; dictar las reglas para su organización y diseñar las pautas para su incorporación en los planes de las entidades vinculadas con su implementación.
  17. Definir prioridades y criterios para la asignación del gasto público en CTel, los cuales incluirán áreas estratégicas y programas específicos y prioritarios a los que se les deberá otorgar especial atención y apoyo presupuestal.
  18. Diseñar, articular y estimular políticas e instrumentos para la inversión privada, doméstica o internacional, en CTeI.
  19. Concertar, con el apoyo del Departamento Nacional de Planeación -DNP, en coordinación con las demás entidades nacionales que ejecutan política de CTeI, los recursos y la destinación de los mismos en el trámite de programación presupuestal tomando como base el Plan Nacional de Desarrollo y la política de CTel, adoptada por el CONPES.
  20. Otorgar estímulos a instituciones y personas por sus aportes a la CTeI, a través de distinciones y reconocimientos.
  21. Diseñar estímulos e incentivos sociales y económicos para aumentar en forma significativa la inversión privada en CTeI.
  22. Articular y emplear las políticas y programas nacionales de CTel, con aquellas que existen a nivel internacional para potenciar su impacto.
  23. Crear las condiciones para desarrollar y aprovechar el talento nacional, en el país y en el exterior en el campo de CTeI.
  24. Coordinar el Sistema Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación para lo cual contará con los Consejos de los Programas Nacionales de Ciencia y Tecnología, los Consejos Departamentales de Ciencia, Tecnología e Innovación y el Consejo Asesor de Ciencia, Tecnología e Innovación.
  25. Elaborar en conjunto con el Departamento Nacional de Planeación-DNP Y el Ministerio de Hacienda y Crédito Público -MHCP, con el apoyo de las instituciones involucradas y en forma anual un marco de inversión en CTeI.
  26. Presentar y ejecutar proyectos regionales de inversión, que beneficien a las entidades territoriales de acuerdo con Leyes 141 de 1994, 756 de 2002 y demás reglamentación aplicable con cargo a las asignaciones del Fondo Nacional de Regalias.
  27. Absolver las consultas sobre la aplicación de normas de carácter general, específico en CTel y expedirá circulares externas en materia de CTel.