El Congreso de la República expidió la Ley 1286 el 23 de enero de 2009, por medio de la cual transformó a COLCIENCIAS en Departamento Administrativo y estableció mecanismos para fortalecer el Sistema Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación en Colombia.

Dentro de los mecanismos establecidos para el fortalecimiento del Sistema Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación en Colombia, se creó el Fondo Nacional de Financiamiento para la Ciencia, la Tecnología y la Innovación, -Fondo Francisco José de Caldas-, a cargo del Departamento Administrativo de Ciencia, Tecnología e Innovación –COLCIENCIAS-, como instrumento que le permita desarrollar los objetivos de política establecidos en la misma Ley.

La norma en mención estableció de manera expresa la obligación de que los recursos correspondientes al Fondo fueran administrados a través del Patrimonio Autónomo que surgiera de la celebración de un Contrato de Fiducia Mercantil entre el Departamento Administrativo de Ciencia, Tecnología e Innovación –COLCIENCIAS- y la sociedad fiduciaria que fuera seleccionada a través de un proceso de Licitación Pública.

El Fondo Nacional para el financiamiento de la Ciencia, la Tecnología y la Innovación Francisco José de Caldas es un mecanismo financiero que le permite a COLCIENCIAS integrar los recursos públicos, privados, internacionales y de donación para financiar el desarrollo de la Ciencia, Tecnología e Innovación. El Fondo es un Patrimonio Autónomo con COLCIENCIAS como único Fideicomitente y beneficiario.

El Fondo es administrado por la Fiduprevisora, seleccionada por licitación pública, a través de un contrato de Fiducia Mercantil. Los Actos y Contratos que realice, se sujetan a las normas de derecho privado subsidiariamente a las de Ciencia y Tecnología.

De acuerdo con la Ley 1286 del año 2009 el Fondo financia programas, proyectos, entidades y actividades de Ciencia, Tecnología e innovación. Y dentro de los beneficios que ofrece tanto al sector público, como al privado, se encuentran: el aumento de los recursos destinados a financiar Ciencia, Tecnología e Innovación, la integración de recursos públicos, privados, internacionales para el desarrollo de proyectos, programas, actividades, instrumentos financieros, fondos de capital, beneficios tributarios por inversiones en desarrollo científico y tecnológico, utilización de nuevos mecanismos para financiamiento de Ciencia, Tecnología e Innovación, transparencia.