Está conformada por 10 Programas Nacionales de Ciencia Tecnología e Innovación que trabajan con el fin de contribuir a los propósitos de las políticas nacionales económicas, sociales y políticas sectoriales del país. 
 
Por ello promueven y fomentan la generación y apropiación del conocimiento en CTeI, articulando las necesidades de la sociedad y los requerimientos de su desarrollo a través de la formulación de documentos de direccionamiento estratégico, planes y convocatorias nacionales.
 
Son:
 
1. Programa Nacional de CTeI en Ciencias Agropecuarias
2. Programa Nacional en Ambiente, biodiversidad y hábitat
3. Programa Nacional en Ciencias Básicas
4. Programa Nacional de CTeI en Energía y minería
5. Programa Nacional en CTeI en Geociencias
6. Programa Nacional de CTeI en Ciencias Humanas, sociales y educación
7. Programa Nacional de CTeI en Ingeniería
8. Programa Nacional en Ciencias del Mar y recursos hidrobiológicos
9. Programa Nacional de CTeI en Salud
10. Programa Nacional en Seguridad y defensa